Sumber : bacteriapictures.net
Riset
tentang komunitas mikroba yang terdapat di dalam saluran pencernaan hewan
dan manusia menjadi sangat menarik, karena sejalan dengan waktu fakta-fakta
baru bermunculan. Sebelumnya, metode pengkulturan jasad renik pada cawan
agar berisikan media umum atau media selektif menjadi andalan untuk
melakukan isolasi dan identifikasi penguni saluran pencernaan manusia.
Untuk
mengetahuinya, beberapa gram feces dikoleksi dan dituangkan/disebarkan (pour
plate atau spread plate) melalui beberapa rangkaian tingkat pengenceran.
Koloni yang tumbuh kemudian dihitung dan diisolasi yang selanjutnya
dikarakterisasi. Teknik menumbuhkan mikroba pada cawan petri atau
culture-dependent technique ini selanjutnya digunakan secara rutin dalam
analisis mikrobiota feces.
Sejalan dengan waktu, dijumpai fakta bahwa ternyata tidak semua bakteri di
dalam feces manusia mampu tumbuh di media yang selama ini digunakan oleh
para peneliti. Langendjik dkk mengindikasikan bahwa hanya sebagian kecil
saja bakteri feces yang dapat dikultivasi, yaitu sekitar 20-40%. Angka
tersebut didapat dengan cara membandingkan jumlah koloni yang tumbuh pada
media dengan jumlah total sel yang diamatinya di bawah mikroskop. Fakta
tentang ini selanjutnya menjadi sangat penting, karena kesimpulan-kesimpulan
selama ini tentang penelitian mikrobiota usus hanya melingkupi ruang
sebatas mikroba yang dapat dikultur saja.
Selain itu, penggunaan media selektif yang selama ini digunakan dalam
identifikasi mikrobiota tertentu mempunyai beberapa kekurangan sepertihalnya
media selektif ternyata tidak benar-benar selektif atau bahkan sebaliknya
yaitu sangat selektif terhadap mikrobiota yang menjadi targetnya. Resikonya
adalah populasi mikroba dalam suatu sampel dapat diestimasikan terlalu
tinggi atau terlalu rendah dibandingkan kondisi sebenarnya.
Teknik molekuler saat ini mulai marak diterapkan untuk menutupi kekurangan
teknik kultur tersebut seperti FISH, T-RFLP, DGGE, realtime PCR dan lain
sebagainya. Saat ini teknik-teknik tersebut banyak digunakan untuk menguji
hipotesis suatu hal berkaitan dengan komunitas mikrobiota dalam suatu sampel
yang sangat kompleks.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar